肥胖是不能够直接导致阴茎短小的，但是阴茎短小和肥胖是有一定的关系的。肥胖会导致雄性激素分泌少于正常水平，这样就可能会导致阴茎短小的发生。
一般来说，性激素激素在青春期产生，并促使睾丸发育成熟，成熟的睾丸又产生另外一种激素睾酮，而睾酮则是直接促使阴茎生长的动力源，同时它还能引起其它男性性特征的发育如胡须等。
但是，如果脑垂体没有产生足够的促性腺激素，那么，这些标志男性成熟的变化就不会发生，即使有些变化也不会很明显。有这种缺陷的男子通常是身体过于肥胖，且伴有阴茎和睾丸短小、极少胡须及汗毛、音高而尖，甚至连皮肤都光滑如女子。一旦这种情况产生，就应该请内分泌专家或性学专家做检查、治疗。如果是轻度或中等度肥胖，一般不会导致阴茎短小。
肥胖者自视自己的阴茎，常感到比别人小，这是由于视角不同的缘故。因为从上往下看阴茎，要比从前面看要“感到”小一些，这也是人们多会感到自己的不如对人的大的缘故。另外，躯体肥大，也会使阴茎显得小一些，但不必为虑。
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